O Cardeal Gilberto Agustoni, Prefeito emérito do Supremo Tribunal da Assinatura Apostólica, nasceu em Schaffhausen, Suíça, em 26 de julho de 1922 em uma família profundamente cristã. Como funcionário público, seu pai, que veio do Ticino, mudou-se para o leste da Suíça por motivos de trabalho. Sua mãe, por outro lado, veio de um vilarejo às margens do Lago Constança.Ele tinha quatro irmãos e uma irmã. Dois de seus irmãos morreram e dois são sacerdotes; sua irmã mora na Suíça com sua família.
O cardeal Agustoni completou sua educação obrigatória em sua cidade natal. No entanto, como queria ser padre, foi levado para o seminário diocesano de Lugano porque seu pai queria que ele seguisse os passos de seu irmão Luigi, que já havia entrado neste seminário alguns anos antes.
Quando terminou os estudos secundários, foi enviado a Roma para iniciar a teologia.
Fez um ano preparatório na St Thomas’ University e formou-se em filosofia, mas os acontecimentos da guerra fizeram com que o bispo Angelo Jelmini de Lugano mantivesse seu aluno na Suíça e o fizesse continuar seus estudos na Universidade de Fribourg onde, de fato, formou-se em teologia sagrada.
Em 20 de abril de 1946, foi ordenado sacerdote na Catedral de Lugano e o Bispo o nomeou capelão adjunto da Ação Católica diocesana, então consolidada e muito ativa. Foi-lhe confiado em particular os jovens e estudantes das diversas universidades suíças. Assim, durante esses anos, ele foi responsável principalmente pelo aspecto formativo e elaborou os programas necessários para a juventude e para a Associação dos Exploradores Católicos.
Em 1950, o Cardeal Ottaviani, então Assessor da Congregação do Santo Ofício, pediu ao Bispo de Lugano o jovem sacerdote Agustoni, com quem se encontrara várias vezes. Diante da insistência do Prelado sênior, o Bispo finalmente cedeu, embora não sem pesar.
Agustoni começou a trabalhar para a Santa Sé em 1º de julho de 1950, quando o Cardeal Ottaviani obteve permissão do Papa para assumir um sacerdote que ainda não tinha 30 anos em um dicastério com um papel particularmente sério e sensível, especialmente antes de sua reforma após a Segunda Concílio Vaticano.

Esta foi também a razão pela qual o Assessor, Cardeal Ottaviani, acompanhou de perto o jovem oficial em sua Congregação. Para completar a sua formação em ciências teológicas, encorajou-o a começar a estudar direito na Pontifícia Universidade Lateranense, onde obteve a licenciatura. Nesse ínterim, continuou seu trabalho no dicastério até se tornar chefe de departamento.
Durante esses anos, foi também nomeado comissário da Congregação para a Disciplina dos Sacramentos, tratando de casos matrimoniais. Imediatamente após o Concílio, foi nomeado consultor do Consilium ad exsequendam Constitutionem de Sacra Liturgia, trabalhando nesta qualidade como um elo de ligação entre esses dois dicastérios que foram os mais profundamente envolvidos no difícil e histórico empreendimento da renovação litúrgica pós-conciliar. Posteriormente, foi nomeado consultor da Congregação para o Culto Divino estabelecida pelo Papa Paulo VI.
Em maio de 1970, o Cardeal Agustoni ingressou na Magistratura Eclesiástica como Prelado Auditor do Tribunal da Rota Romana, onde permaneceu até dezembro de 1986, quando o Sumo Pontífice João Paulo II o nomeou Secretário da Congregação para o Clero, e como tal, Arcebispo titular de Caprulae. O próprio Santo Padre o ordenou Bispo no dia 6 de janeiro seguinte, juntamente com nove confrades, durante a tradicional ordenação episcopal para a Epifania.
O cardeal Agustoni trabalhou na Congregação para o Clero em um período particularmente interessante devido a dois eventos de importância eclesiástica. De fato, o Sínodo Geral dos Bispos para a Formação dos Presbíteros nas Circunstâncias Atuais estava sendo preparado e então foi celebrado em 1990. O documento Pastores dabo vobis foi um resultado.
Ao mesmo tempo, o Santo Padre havia constituído a Comissão para a Redação do Novo Catecismo da Igreja Católica, presidida pelo Cardeal Ratzinger e à qual também pertencia o Cardeal Prefeito da Congregação para o Clero, uma vez que o dicastério estava mais preocupado com este assunto do que qualquer outro, dada a sua competência institucional na área da catequese. A Congregação foi, portanto, solicitada a colaborar especificamente e coube ao Secretário do dicastério coordenar essa colaboração.
O Secretário da Congregação para o Clero era membro de direito do Conselho Internacional para a Catequese, órgão constituído a par do dicastério e que se tem revelado um válido instrumento de estudo e consulta na área específica da catequese porque os seus membros vêm de todas as diferentes partes do mundo. Este Concílio recebeu um novo impulso, especialmente em vista da publicação do novo Catecismo da Igreja, sendo reparado naquele momento.
Ele também desempenhou um papel ativo na redação da constituição apostólica Pastor Bonus e do Regulamento da Cúria Romana, que representa parcialmente sua aplicação prática.
Em maio de 1991, o Cardeal Agustoni foi nomeado membro do Supremo Tribunal da Assinatura Apostólica, enquanto continuou como Secretário da Congregação para o Clero.
Porém, apenas um ano depois, em abril de 1992, o Santo Padre o nomeou Pró-Prefeito deste mesmo Tribunal Supremo, para suceder o Cardeal Achille Silvestrini, que havia sido nomeado Prefeito da Congregação para as Igrejas Orientais.
Como Pró-Prefeito do Supremo Tribunal, o Cardeal Agustoni também foi nomeado Pró-Presidente do Supremo Tribunal de Apelações da Cidade do Vaticano.
Nomeado Prefeito do Supremo Tribunal da Assinatura Apostólica em 29 de novembro de 1994 (até outubro de 1998).
Criado e proclamado Cardeal por São João Paulo II no Consistório de 26 de novembro de 1994, do Título de Santi Urbano e Lorenzo a Prima Porta, a diaconia elevou pro hac vice a título presbiteral.
O cardeal Gilberto Agustoni faleceu em 13 de janeiro de 2017.